A NOSi estrutura-se em Direções Funcionais e Áreas de Projetos sob orientação de um modelo organizacional matricial sob três pelouros:
- Inovação e Competitividade;
- Arquitetura e Interoperabilidade;
- Corporativo e Compliance.
As estruturas orgânicas e funcionais são flexíveis e orientadas aos projetos, para responder de forma ágil e adequada ás atividades da NOSi sujeitas a permanente mudança.