La NOSi est structuré en directions et domaines fonctionnels sous la direction d'un modèle organisationnel matriciel dans trois domaines:
- Innovation et compétitivité;
- Architecture et interopérabilité;
- Entreprise et conformité.
Les structures organiques et fonctionnelles sont flexibles et orientées vers les projets, afin de répondre de manière agile et appropriée aux activités de la NOSi soumises à des changements permanents.